淡水是北台灣基督教福音的發源地，馬偕牧師自1872年開始在淡水租屋，並將此處作為宣教之地。
翌年二月，五位信徒入教受洗，正式設立淡水教會。後原來的教堂不敷使用，於是決定重建淡水禮拜堂，並作為馬偕牧師來台六十週年獻禮。
教堂由偕叡廉設計，為仿歌德式的紅磚建築，有一砌工精湛的方型鐘塔，內部為木架天花板，柱頭飾以小帽尖，四周開尖拱型窗戶，以進口彩色玻璃透出莊嚴神聖之氣氛，教堂內部座椅、講台、聖餐桌至今都保持原樣，尤其百年古鐘和老風琴、建堂沿革碑等都成台灣教會的重要文物。
此教堂曾在1986年修建，將屋頂由陶製屋瓦改為鋁制浪板。
淡水禮拜堂今日依然在使用中，是淡水地區最大的台灣基督教長老教會聚會所。