秀姑巒溪本身發源於花蓮與台東兩縣之間的崙天山南側，但整個水系的最遠源流則為其最長支流樂樂溪 (拉庫拉庫溪) 的支流馬霍拉斯溪，發源於中央山脈的馬博拉斯山東側。秀姑巒溪上游原為向東流，因受阻於海岸山脈，轉而沿花東縱谷向北流，匯集各支流後在瑞穗鄉往東，經過海岸山脈後，進入太平洋，是台灣唯一一條切過海岸山脈的溪流。
秀姑巒溪本身全長約81.15公里，整個水系全長則約104公里，流域面積廣達1790.46平方公里，平均坡度為1:34。可算是台灣東部第一大河川，也是形成花東縱谷沖積扇的主要河流。主要支流有富源溪、紅葉溪、豐坪溪、卓溪和樂樂溪。下遊河口建有長虹橋。最著名的景點是河床中的巨大白石，稱為漱玉奇景。
潄玉奇石是石灰岩，由堆積在海上的生物碎屑、化石、珊瑚礁所組成，過去這個區域也是海水溫度較為溫暖的火山島弧地區，受到板塊擠壓和地殼變動，這些火山島和珊瑚礁被抬升出水面，形成形狀各異的巨石景觀。
秀姑巒溪在1981年左右開始發展泛舟活動，目前依然是台灣泛舟最興盛的區域。多數泛舟行程自瑞穗大橋起，到長虹橋為終點，時間約3到4小時，中間在奇美設有休息點。由於水量充沛，全年皆為泛舟季節。

沿途經過的景致有呼拉灘、猴跳灘、姑奶奶灘等砂石灘，以及謝武德台地、萬物象、長虹橋等三處景觀可供觀賞。泛舟之旅由瑞穗大橋啟航，初時兩岸溪床開闊，砂灘遍佈，過第一處激流後，溪床大幅轉彎，右側是謝武台地，溪床高地呈河階式隆起，溪岸則為砂石灘，水清石多，為理想露營地。行約兩小時，陸續經過幾處激流後穿過奇美吊橋，迎面而來的是第七處激流，通過這一關的考驗，即可來到奇美休息地，暫時停泊休憩。此地是一片廣大砂灘地，遊客多於此用餐休息。奇美過後，呈現出不一樣的峽谷秀麗風光，此段水域潭深水闊，沿途是一連串漩渦與險灘，此時始進入真正的泛舟高潮。待長虹橋展現，激流、險灘已成過去，取代的是寬闊平緩水域，泛舟之旅遂於此畫上休止符。